Januari 1999 is GGD Zaanstreek-Waterland ontstaan door een fusie van GGD Zaanstreek (Zaanstad en Oostzaan) en GGD Waterland ( Beemster, Edam-Volendam, Landsmeer, Purmerend, Waterland, Wormerland en Zeevang).

Door de fusie kwam een brede basis van deskundigheden voor de hele regio beschikbaar, was er minder versnippering van taken en personen en was facilitaire ondersteuning mogelijk. Zo ontstond bijvoorbeeld door de fusie in de Zaanstreek een uitgebreider aanbod van Infectieziektebestrijding en kon epidemiologisch onderzoek en tbc bestrijding ook in Waterland worden uitgevoerd.

De Wet Collectieve Preventie Volksgezondheid (WCPV) was leidend bij het formuleren van het takenpakket. Taken op het terrein van de OGGZ werden nog niet uitgevoerd. Daarentegen werd de sociaal-medische advisering voor de gehele regio aangeboden.

Bij de start in 1999 was de totale omvang van de GGD ca 50 fte. Twintig jaar later werken 450 medewerkers dagelijks aan preventieve gezondheidszorg en sociale veiligheid voor alle inwoners van Zaanstreek-Waterland.